有關跨領域課程的開設，學校的十一個學院在一期深耕時已儼然形成一種類似演化生物學中所謂的共生關係。院系所逐漸體認到在跨領域潮流下，彼此之間的互補加乘關係已愈形重要。這點意識已為本校跨領域學習的文化形塑產生積極的作用，其中一個明顯的發展就是「大型跨領域專業課程」的萌芽與茁壯。
在深耕一期中，文學院一共開設了以下六個跨領域學分學程，分別是〈近代社會的身體與性別學分學程〉、〈跨域‧創新‧實踐──應用中文學分學程〉〈照顧哲學學分學程〉、〈數位人文技術與應用學分學程〉、〈台灣文學與東亞學分學程、與〈台灣與近代東亞跨領域學分學程〉。各學分學程簡介如下：
1.〈近代社會的身體與性別學分學程〉
此學程強調跨領域與多元學習，網羅本校文學院、社會科學學院、法學院、及傳播學院師資，旨在從史學、文學、法學、社會學、政治學、媒介學等領域出發，引領學生探索認同自我、發展人際關係與從事社會活動的身體及性別課題，進行多元而有深度的探索與研究。掌握各種相關學理、累積研究能量的同時，也對自身生活、社會關係與當代文化，能有深廣的反思與關懷。
此學程目標為透過本校文學院、傳播學院、社科院等不同學院合作開課，提升學生中文閱讀、編輯及跨域應用的知識與能力，訓練實務技能與加強就業競爭力，培養具跨領域專業之人才。期待學生能在學程的課程中強化基礎學門具備的「內容力」，並轉譯為日後職場需要的「生產力」。
3.〈照顧哲學學分學程〉
「照顧哲學」跨領域學分學程除了有社會、心理、教育等方面的課程，其精神更在於從文史哲來抵達照顧專業的認識與思考。
此學程的目標是讓人文學與社會科學學生相互交流，提昇其對於當代社會「人性處境」的視野。期待學生投入日常或專業照顧實踐行動之前，能夠以人之存在處境為視野來理解自身與行動的關係，獲得清晰思考的指引。如此不但能避免狹隘與反應式的行動，更有機會對「照顧」有人文創新的認識，從而孕育出新的事業與志業。
4.〈數位人文技術與應用學分學程〉
此學程以文學院相關專業師資為核心，輔以資訊技術專業師資，透過技術與實作課程，強化人文學科背景者具備資訊處理與數位工具應用能力，並能基於自身專業學科背景，善用資訊工具，探索本身學科內涵的應用；對於非人文學科背景者，亦可藉由修習此學程瞭解數位人文知識與發展概況，能為我國培育兼具人文與資訊科技思維之未來發展人才。
藉著跨領域能力的培養，期能培養我國數位人文發展的堅實人才，並增進學生數位技術運用能力，進而提升未來就業與升學的競爭力。
5.〈台灣文學與東亞學分學程〉
有鑒於台灣文學與東亞研究的比較視野已成為近年來人學學科領域的主流，為了讓東亞與台灣文學的基礎課程能夠推廣、奠基，本校台灣文學研究所以台灣文學研究基礎課程為主幹，規劃主要以文學、歷史與跨媒體研究三大主題為主軸之課程，設立「台灣文學與東亞學分學程」。希望學生透過修習此學程相關課程，深入認識台灣文學以及台灣與東亞區域的關係。
6.〈台灣與近代東亞跨領域學分學程〉
此學程之開課教師為跨學院、跨系所，涵括歐文、韓文、日文、歷史及臺灣史等專業，使學生可透過不同語文，由多元文化的角度，認識近代東亞世界與多元族群匯聚的臺灣。課程所融入的不僅有歷史，還有文學、國際關係、政治、地理學、民族學、動植物學等元素，可拓展學生多元的人文視野、跨國移動能力。另一方面，透過這些外語描述中字彙和文句的習得及其跨文化的詮釋，也可以培養學生以外語行銷臺灣的能力，未來甚或進一步進入文史領域研究或者從業。
除了文學院開設的六個跨領域學分學程之外，尚有由本校在深耕一期甫成立的創新國際學院所開設的「全球衛生治理」課程。
此課程與國立陽明交通大學公衛所國際衛生學程合作，從全球治理、公共衛生、社會學、法學、醫學等多元角度探討全球衛生治理架構；並採全英語授課。該課程第一堂課便請學生各自進入七組國家/組織（世界衛生組織、美國、中國、印度、泰國、越南、帛琉）的人物設定，後於每堂課前十分鐘，簡報該國最新公衛新聞，並於期末召開世界衛生大會，學生以各國代表身分，對COVID-19之國際公衛事件進行模擬討論。為提高沉浸式教學的情境感知，該院又邀請前衛福部駐美代表郭旭崧、前美國AIT處長司徒文、以及多位國際學者及媒體人士，一起扮演新聞界、產業界、學術界與公民社會團體等角色。模擬盛況可見課程臉書粉絲專頁【NCCUxWHO】，https://www.facebook.com/nccuxwho.simulation）。